Wie man den Supplemental Index von Google definieren soll weiß keiner genau aber der tropische SEO hat einige lustige Vorschläge, die alle einleuchtender als Googles Erklärung sind:

Der Supplemental Index…

• ist das sibirische Arbeitslager für Websites.
• ist der Ort für Websites mit wenig Trust.
• ist der Ort für Websites die keine Chance haben wir wichtige Keywords zu ranken.

Man kann also sagen, dass Seiten die im Supplemental Index sind keine Chancen auf ein vernünftiges Ranking haben.

Der häufigste Auslöser dieses Phänomens ist Duplicate Content. Was genau das ist erklärt die Google Webmaster Central.
Besonders davon betroffen sind Blogs deren Artikel nur zwei Sätze lang sind, die aber auf jeder Seite ihre Blogroll mit 50 Blogs zeigen, Links zu ihren 100 Kategorien und 250 Tags haben und außerdem noch zu diversen externen Seiten (Technorati-Profil, Xing-Profil des Autors, usw.) linken.
Wirklich einzigartig sind auf solchen Seiten nur 5% des Inhalts. Und bei solch extrem kurzen Artikeln wird der komplette Artikel noch mal im Archiv, in Monatsarchiv, auf mehreren Kategorie-Seiten und auf mehreren Tag-Seiten komplett dargestellt.

Ein weiterer Auslöser kann laut @-Web auch eine URL Struktur mit zu vielen Parametern sein.

Ob die eigene Seite betroffen ist kannst du mit dem Google Supplemental Index Page Count Tool überprüfen (danke für den Tipp an Sabrina).
Statt dieses Tools kannst du auch die Abfrage [site:www.domain.de *** -view] bei Google durchführen (Beispiel).

Wege aus dem Unglück

Gib jeder Seite einen einzigartigen Title. Es gibt keinen Grund keine passenden Title zu verwenden. Sie sind besser für das Ranking, erhöhen die Klickrate in den SERP und helfen den Besuchern sich zurechtzufinden. Also: Nutz passende Title-Tags auf jeder Unterseite!

Gib jeder Seite eine eigene Meta Description. Ich fand die Meta Description schon immer wichtig, da auch sie die Klickrate in den SERP erhöhen kann und nun scheint sie auch Gewicht zu haben wenn es beim Indizieren um die Einordnung normales-vs-zusätzliches Ergebnis geht. So wird es unter anderem auf Webmaster World berichtet.

Jede Seite sollte über eigene Inhalte verfügen. Dieses Problem haben nicht nur Blogs sondern auch junge Webkataloge mit 10.000 leeren Kategorien. Wenn eine Seite keinen eigenen Inhalt hat gibt es keinen Grund für Google sie in den Index aufzunehmen. Also, leier dir gefälligst für jede Seite mindestens 100 Wörter unique Content aus den Rippen.

Besorg Backlinks mit Trust und Autorität. Links von etablierten und starken Seiten können Wunder wirken wenn es darum geht Googles Herz für eine junge Seite zu erwärmen.
Oder um es mit den Worten von Matt Cutts zu sagen:

In general, the best way I know of to move sites from more supplemental to normal is to get high-quality links (don’t bother to get low-quality links just for links’ sake).

Vermeide doppelte URLs. Keine Seite sollte unter mehreren URLs erreichbar sein. Dies passiert leider bei vielen CMS, Foren und Blogs. Schau dir dein System an und sperre Feeds, Druckversionen oder unnötige Übersichtsseiten per Robots.txt oder schmeiß sie gleich raus.

Vergiss die Deeplinks nicht. Wenn deine Seite 20 Unterseiten hat und 10 Backlinks die alle auf die Homepage zeigen, was passiert dann? Genau. Die Homepage ist im Index und die Unterseiten sind nur zusätzliche Ergebnisse. Dagegen helfen Deeplinks. Wenn nur eine der Unterseiten eine Hand voll Backlinks erhält wird Google sich auch die anderen Unterseiten noch mal anschauen und ebenfalls indizieren.
Wenn deine Seite hunderte oder tausende von Unterseiten hat musst du natürlich mehrere dieser Seiten mit Deeplinks versorgen um alle in den Index zu bekommen.

Reduziere Wiederholungen. Oben habe ich ja bereits die Blogs angesprochen deren Unterseiten zu 95% identisch sind. Ist dies bei dir der Fall solltest du überlegen folgende Dinge teilweise rauszuschmeißen, zu reduzieren oder nur auf der Homepage zu zeigen:

• Blogroll
• Kategorien
• Tags
• Archiv
• Externe Links (Social Media Profile des Autors, Alexa/Teachnorati-Profile der Seite)

Die Tipps stammen von Aaron Wall und anderen.